Las partes negociadoras acordaron en la mesa de diálogos de La Habana la creación de una Jurisdicción Especial de Paz (JEP), la cual tendrá como función impartir justicia por los hechos cometidos en el marco del conflicto por los miembros de los grupos subversivos, agentes del Estado y colaboradores. Entre algunas de las demás funciones de la JEP está contribuir a la reparación integral a las víctimas, lucha contra la impunidad y contribuir con el establecimiento de una paz duradera.
La JEP estará conformada por magistrados nacionales y se espera que haya presencia de juristas extranjeros de alta experiencia en temas de justicia transicional. La competencia de la jurisdicción estará sobre aquellos que hayan participado de manera directa o indirecta en el conflicto y sobre los hechos que se hayan cometido en el marco del conflicto armado interno. La jurisdiccional contará con Salas de Justicia y un Tribunal de Paz.